意义
《慈悲三昧水忏》其名称中的“慈”意为予乐，“悲”意为拔苦;“三昧”本是定的意思，“三昧水”则是由迦诺迦尊者的三昧力加持而成的三昧法水，系指佛法的般若智慧甘露水，可以涤清众生的业障;“忏”代表忏悔，指忏悔过去的业。
“慈悲三昧水忏”即指在慈悲清净的定境中，以佛法的甘露水洗涤业障和内心的烦恼，以现出拜忏者本来人性的智慧和福德。其正文的形式亦如其他忏法书，首先说明了建立水忏道场的意义及其功用，令修忏者发心皈依诸佛菩萨。其次举忏悔文，令修忏者兴起惭愧心、恐怖心、厌离心、菩提心、怨亲平等心、念报佛恩心、观罪性空心等七种心以忏悔烦恼障、业障、果报障等三障。忏悔终了，最后需以忏悔三障所生的功德回向施主与一切众生。
在实际薰修方面，水忏的实用性更强，自唐末以后的一千多年来，水忏法会风行各地，僧俗佛子都爱修此忏法，或自修，或请人代修，用来消灾祈福、超荐亡故亲友或冤亲债主，回向六道众生。许多寺庙特别规定每月举办一次，以致现代只要提到佛教的忏悔法门，人们一般都会想到粱皇宝忏和水忏。
罪从心起将心忏
知过改过是一种大智慧，因为人的自我完善以及智慧的开发往往是通过知过改过来实现的。因此，六祖言：“改过必生智慧，护短心内非贤。”佛法中，忏悔是改往修来的具体方法。忏悔可以分为事忏和理忏两大类。
事忏就是举行种种忏悔仪式，如三昧水忏、梁皇忏、大悲忏等。通过礼拜诸佛，供养三宝来忏悔业障罪根，清净身心。
理忏则是通过观诸法性空，无实自体可得，了悟罪性也是空的道理，从而达到净心止恶，即所谓“罪从心起将心忏，心若灭时罪亦亡。心亡罪灭两俱空，是则名为真忏悔”（华严经）。
功德利益
忏悔法门，自从于南北朝齐梁时代盛行以来，直到今日，不特仍为佛法者所奉行，而且盛行不减过去，不论什么道场，不论什么忏法，只要定期举行，总有很多在家奉佛者，至诚恳切的前来参拜，至于道场远近，不在考虑之内。原因每个学佛者皆知，各种忏法都是依于佛说而来，佛在经中所以散说忏法，就是体认到众生甚至佛子，业障太过深重，非忏悔不能消除，为愍念众生及学佛四众，特在经中说明礼忏拜佛，以期洗除过去现在所造种种障垢，从而获得生命的真正解脱！
礼忏可以洗涤罪垢 ，虽是各个忏法共有功效，但本忏法特以三昧水，洗去宿世怨仇垢心，是本忏法的特色。 不过在发心礼佛洗罪前，先当请求十方一切贤圣，作为自己革心洗面的证明，诸佛贤圣虽不一定会现前，但开始礼忏时，果能心净智明，那你在道场中，就可常得见佛，亦会发生最大功用。
怎知诸佛贤圣无所不在？华严经说：“譬如日出普照世间，于一切净水器中影无不现。佛日亦尔，普现法界无前无后，一切众生净水器中影无不现”。所以在礼忏时，应如面对佛陀，至诚恭敬礼拜，甚至拜一拜，皆予以观想，必然能够得大利益。
礼忏是不是真的发生作用，问题在礼忏时是否至诚，至诚忏悔定会发生与乐拔苦功用，因为至诚，对己固能忏除业障，对人亦能慈悲利他，不特如此，就是成佛成圣，亦无问题，所以本忏宗用，特别殊胜有力。吾人修学，不管礼忏诵经，决非盲无目的，有其趋向归宿，不知有所宗趣，只是一味礼诵，纵然礼诵得多，结果无所归宿，等于白白礼诵。未证最高佛果以前，不论是什么程度的人，三障皆未消除，只是轻重不同，佛法行者礼忏，当以净除三障为唯一目的，这是时刻要紧记住的！
各种忏法的制定，都是为了消除行者的三障，原因众生从无量劫来，所造一切罪业，皆当忏除净尽，不容丝毫存在，且真诚忏悔后，从今至未来际，决不更造罪业，业性虽说本空，果报定不有失，若认苦果难忍，发露忏悔之时，应向三宝恳求，愿能哀愍济拔，使我及诸众生，三业罪障转成解脱，六根重愆成六神通。这样忏悔，一切忏法皆同，“慈悲三昧水忏”，自亦不会例外。真能忏除三障，是为忏法大用。本忏除能忏除三障，还可解冤释结，是为本忏法的另一殊胜功用。
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